毕达哥拉斯（前-前），与自然哲学家们生活在同一时代，出身于萨摩斯的贵族家庭，因为反对僭主统治，忠于贵族政党，迁移至意大利的西西里。并建立起一个具有学术、宗教和政治目的的团体，也就是毕达哥拉斯学派。
毕达哥拉斯学派的理想是在其追随者中发展政治美德，教育他们为了国家的善而行动，使自己服从于整体。
除了为人熟知的“毕达哥拉斯定理”，其学派对哲学的影响也是不容忽视的：
1.他是第一位使用“哲学家”这个词的人，也是第一位提出了“一揽子”理论的哲学家，即包含了本体论、认识论、伦理、政治、美学...
2.关于形式、理性、感性现象、知识方面的理论，是柏拉图的理念论的思想源泉；
3.关于量、质、形式的理论是亚里士多德最终确立的形而上学的源泉，关于宇宙、秩序和数学的研究，为哲学的重要分支美学奠定了基础；
4.关于灵魂和宇宙的研究对晚年的柏拉图影响极大，追随者在公元前1世纪形成“新柏拉图主义”，是早期中世纪神学-教父哲学的基础。
如果说自然哲学家源于对神的怀疑，那么毕达哥拉斯学派则是出于对神的痴迷。
研究表明，毕达哥拉斯及其学派深受公元前7-公元前6世纪兴起的奥菲斯教的影响。奥菲斯教相信灵魂的轮回，灵魂被认为是不朽的，灵魂从神圣状态经历最初的下降，进入接下来的转世化身中，灵魂又努力回到神圣状态，在毕达哥拉斯的著作中，他将灵魂原则等同于心灵。
他认为一切生物都有灵魂，“灵魂是一种和谐”，为了灵魂不受损伤，人应该不断地净化心灵。
三种灵魂
在追求灵魂的净化过程中，发现了一种纯粹的生活，毕达哥拉斯将“思想和沉思”与“世俗生活”相对立，他说有三种灵魂：在奥林匹克运动会上有三种人：商人、运动员和观众。他认为观众是最高一层的灵魂，因为他们在思考、分析正在发生的事。
在希腊语中观察者有理论的意思，他认为思考中可以达到与神的统一，将人从生与死的永恒进程中解脱出来。这就是哲学家的特征，他们将精力用来思考自然、从事研究。
数学可以把人从对特殊事物的思考解放出来，进而引导人们思考永恒和有序的数的世界。这一出发点源于他对音乐与数学的关系上，比如琴弦的长度决定了所能弹出的音符。最好的净化方式是音乐和哲学，因为音乐是和谐的音调，哲学是对事物间和谐关系的思索。
万物皆数
毕达哥拉斯认为，“万物皆数”，“数是存在构成的原则”，而整个宇宙是“数”及其关系的和谐的体系。他提出“数是存在构成的原则-整个宇宙是数”-及其关系的和谐体系。在他看来，数是一种特殊的实体，也是世界的原则，它先于一切存在。
可以看出他所构建的：并非是自然哲学家们所主张的宇宙遵循着“水、无定形、气”所代表的规律，这些规律主导了组成宇宙的元素，宇宙就这样遵循着原则生出了。
毕达哥拉斯认为“数”既是构建宇宙的“实体”，也是宇宙所遵循的原则。他所构建的是一个存在与原则统一的理论体系。
点、线、面、体
毕达哥拉斯学派有着自己独特的计数方式，他们用大小差不多的鹅卵石计数，基于这种计数方式，他们发现数字与几何是互通的：一个鹅卵石的点，两个鹅卵石的线，三个鹅卵石的面，四个是固体。就这样，在数的作用下，点、线、面、体到水、火、土、气，最终万物就形成了。
数字的意义
一到十赋予了不同的意义：
“1”是第一原则，万物之母，也是「智慧」；
“2”是对立和否定的原则，是意见；
“3”是万物的形体和形式；
“4”是正义，是宇宙创造者的象征；
“5”是奇数和偶数，雄与雌的结合，也是婚姻；
“6”是神的生命，是「灵魂」；
“7”是机会；
“8”是和谐，也是爱情和友谊；
“9”是理性和强大；
“10”包容了一切数目，是完整和美好。
十对范畴
范畴是对于宇宙的可能性的概括性表述，他认为任何物质都会对应某个范畴，每个范畴对应一个数字，「具体」的事物是对数的模仿，数生成万物。这十对范畴分别是：奇数和偶数、一和多（有定性和无定型）、右和左、光明和黑暗、运动和静止、直和曲、阴和阳、善和恶、正方和长方。
「量」与「结构」
他认为数意味着某种形状，在这里，毕达哥拉斯认为「物质」的「结构」与「数」的「量」有关。比如"3"是三角形、"4"是正方形。这是将「数」与「几何中的点」相结合，单独的点是“界碑”，它规定了“范围”。
他用“奇数”和“偶数”解释了世界中存在的对立，一和多（有定型和无定型）、正方和长方、直和曲、运动和静止是「物质范畴」的对立；光明和黑暗、善和恶是精神、道德、神学范畴的对立。
要注意的是，毕达哥拉斯的理论认为「数」本身就是一种特殊的「实体」，而并非「数」代表的是「实体」的数量。在他的「语境」里「数」与「量」是不同的概念。
其次，不同于第一代哲学家，他将「结构」引入到研究「存在」的问题上。他认为「数」在「量」上的不同决定了由「数」组成「实体」的内在「结构」。当「量」达到一定的水平，「实体」就会发生本质的变化。
第一代哲学家“米利都学派”构思了「始基」是万物的构成，但没有清晰地解释「始基」是如何构成出「具体实体」的。而毕达哥拉斯认为「存在」的「形式」实际上是「数」在「量」上的“限定”。「具体实体」具有其特有「形式」就意味着存在一定的“限定”，意味着可以从「数」的关系中理解。
「形而上学」和「理念论」的发端
理念论的开端：思维从超越实体本身的概念出发，将世界分为了“可感知世界”和“可被认识的世界”。可被理解的事物是完美的、永恒的，而可感知的东西则是有缺陷的。
形而上学的开端：将数定义为先于诸多存在的实体，也是存在的原则。这种实体不是在感性世界中，而是在超感性世界中，即思维可把握的概念。
毕达哥拉斯的“数”、赫拉克利特的“逻各斯”、巴门尼德的“存在”、柏拉图的“理念”都属于思维的对象，超越实体本身的概念，即“形而上”。
由此发展出从柏拉图一直到黑格尔的“本质先于存在”和“本质决定存在”的「形而上学」体系。
赫拉克利特（约前-前年），出生在伊奥尼亚地区的爱菲斯城邦的王族家庭里。他的研究领域不同于之前的自然哲学家和毕达哥拉斯的“试图描述世界的本源”，而是将注意力转移到了自然中「运动」。
他认为：
1)“流变说”和“对立面的冲突”是早期辩证法的基础
2)“世界是永恒的的活火”是对始基的继承和发展
3)“逻各斯”则是形而上学初期的重要思想
4)他的“认识论”阐述了一和多、神与人的关系
5)对“自然法”的奠定有一定的贡献
流变与火
通过观察河水，河流在不断流动，新的河水代替旧的的河水，他说出来那句广为人知的名言：“人不能两次踏进同一条河流”。他认为这种思想不仅用于河流，而且可以用于所有事物。
一个人从小到成年再到衰老虽然是一个变化的过程，但依然是同一个人。河流里的水虽然不断是新的，但是河流还是那条河流。事物在变化中因此呈现出各种不同的形式，但是整个流变过程中它们之中依然具有某些始终相同的东西。
为了把变化描述为多样性中的统一性，赫拉克利特说这个始终保持不变的是“火”，因为火是“存在着”的，而且本身又是一个过程。就是事物是变与不变的统一，一和多的统一。
对赫拉克利特而言，说一切事物都处在流变之中就意味着世界是一团“永恒的活火”，他进一步指出，燃烧和熄灭的“分寸”,使他处于永恒的运动之中，万物是处在一个平衡状态之中。“一切转化为火，火又转化为一切，就像黄金转化为货物，货物又转换为黄金”。
作为普遍规律的理性-逻各斯（logos）
事物是变与不变的统一、多和一的统一，而这个统一是分寸的作用。他认为这种“分寸”是普遍理性的产物，他将普遍理性命名为逻各斯（logos）。
他对于理性的观念来源于宗教信仰，他认为灵魂是最为实在的东西，灵魂最重要的属性是智慧和思想。他所说的神不是人格化的精神，而是火，火是神，火也是罗格斯。
我们可以看到一个“三位一体”的思想模型，“火”代表了物质层面或是实体层，“神”代表了思考、意识，“逻各斯”代表了规律和理性。也就是宇宙是物质、意识和规律的统一，即质料、必然性、偶然性三者的统一。
进一步，因为万物具有火的特征，那么人与神也就存在着统一，人的思想就是神的思想，人人都有智慧，我们都可以拥有相同的知识，我们可以把握世界。进一步，人们清醒时共同拥有一个有序宇宙，在睡梦中就返到自己的世界中，“睡眠”意味着无思甚至无知。
对于思想的人存在着一个可以达到的共同宇宙，所有人都分享了神的普遍性，这一观点对对中世纪的斯多葛学派世界主义影响深远：所有人都是平等的世界公民，因为他们都含有有「一」。同时也为「自然法」提供了理论基础。
对立面的冲突
他认为“斗争”正是变化的本质，世界中对立面的冲突不是一个灾难，而是所有事物的永恒处境。所有事物通过斗争和「必然性」的作用而产生，相反的事物结合在一起，不同的东西造成最美的和谐。甚至死亡也不是一个灾难，因为死后有着意想不到的东西等着我们。
“没有什么会永远消失，只是改变了自己的形态。永恒的火遵循着理性，以一定的分寸运动着，所有的变化都要求对立的和不同的事物。对于神来说，所有事物都是正确的、善的、美的，但人们总是认为一些事错的，一些事正确的，”他说一切是一这是明确的，多在一中体现。
